El Grupo 9 de Universidades actúa a través de 5 órganos:

Asamblea General (órgano de decisión máximo): compuesta por los 9 rectores de las universidades. Le corresponde planificar la organización, el funcionamiento y las actividades del G-9.

Presidencia: se establece de forma rotatoria entre los 9 rectores. Cada rector ostenta la misma por un periodo de seis meses.

Vicepresidencia: la ostenta el rector de la Universidad del Grupo en la que se encuentra la sede de la Secretaría General del G-9 (Pamplona, Navarra).

Secretaría General: desempeña las tareas de Secretaría tanto de la Asamblea General como del Comité Permanente.

Comité Permanente: integrado por el presidente, el vicepresidente y el secretario general del G-9. El Comité vela por el cumplimiento de los acuerdos adoptados en el seno de la Asamblea General.

Asimismo, el G-9 cuenta con órganos auxiliares (9 Comisiones Sectoriales):

1. Sectorial de Investigación

   1. ​GT UGIs

   2. GT OTRIs

   3. GT Genueve Ediciones

   4. GT Bibliotecas

   5. GT Proyectos Europeos

   6. GT SAIs

   7. GT Doctorado

   8. GT Cultura Científica

2. Sectorial de Relaciones Internacionales

   1. ​GT Cooperación al Desarrollo

3. Sectorial de Ordenación Académica

4. Sectorial de Gerencias

5. Sectorial de Profesorado

6. Sectorial de Transformación Digital

   1. ​GT Servicios Informáticos/IT

7. Sectorial de Estudiantes

   1. ​GT Acceso y Admisión

8. Sectorial de Secretarías Generales

   1. ​GT Documentación y Archivos

9. Sectorial de Proyección Cultural y Social

   1. ​GT Deportes

   2. GT Agenda 2030

Ver organigrama G-9